Im Nordwesten von Potsdam liegt das Europäische Vogelschutzgebiet „Mittlere Havelniederung“. Dieses Gebiet umfasst unter anderem den Verlauf der Wublitz, die vom Havelkanal in Paaren bis zum Großen Zernsee bei Golm reicht. Die Wublitz besitzt weitgehend natürliche Uferabschnitte, die einen wichtigen Lebensraum für Nist-, Rast- und Zugvögel bieten. Daher ist das Befahren der flachen Wublitz nördlich des Schlänitzsees sowie des nordöstlichen Ufers mit Wasserfahrzeugen nicht gestattet. Auch Motorboote sind auf dem Abschnitt der Wublitz vom Schlänitzsee bis zur Mündung in den Großen Zernsee verboten. Das Durchfahren von Schilf- und Schwimmblattbereichen ist grundsätzlich untersagt.
Auch für den Fahrländer See bei Neu Fahrland gilt ein Befahrungsverbot für Motorboote. Dieser flache See liegt im Landschaftsschutzgebiet „Königswald mit Havelseen und Seeburger Agrarlandschaft“ und ist in Teilen von einem ausgedehnten Schilfgürtel umgeben. Das Verbot dient dem Schutz des Sees als Brut- und Winterrastplatz für viele Wasservogelarten und wird durch die Verordnung des Landschaftsschutzgebiets geregelt.
Das Naturschutzgebiet „Sacrower See und Königswald“, gelegen im Norden Potsdams zwischen Sacrow und Groß Glienicke, zieht ganzjährig zahlreiche Besucher an. Besonders schützenswert ist die Natur hier, da der Sacrower See im Vergleich zu anderen Gewässern nur wenig nährstoffreich ist und von alten, vielfältigen Wäldern umgeben wird. Wegen der begrenzten Größe des Sees ist er besonders empfindlich und verträgt nur eine geringe Belastung. Daher ist es untersagt, den Uferweg zu verlassen und den See mit Wasserfahrzeugen wie Kajaks, SUPs oder Flößen zu befahren. Zudem sind in diesem Naturschutzgebiet Campen, Lärmen und Feuermachen, wie Rauchen, Grillen und Lagerfeuer, streng verboten. Diese Maßnahmen sind erforderlich, da die gestiegenen Besucherzahlen in den letzten Jahren bereits zu erheblichen Schäden im Schutzgebiet geführt haben. Die Landeshauptstadt Potsdam bittet alle Besucher, sich an diese Regeln zu halten und die Ufer nur an den ausgewiesenen Badestellen am Nordufer bei Groß Glienicke und am Ostufer bei Sacrow zu betreten
Weitere Informationen zu den Schutzgebieten im Potsdamer Stadtgebiet gibt es online unter [
www.potsdam.de/kategorie/schutzgebiete].
Unabhängig vom Schutzstatus gilt es, alle Grünflächen, Natur- und Landschaftsbereiche sorgfältig zu behandeln. Häufig wird Müll achtlos liegen gelassen oder Papierkörbe überfüllt, was zu einem erhöhten Abfallaufkommen führt. Die Landeshauptstadt Potsdam ruft alle Besucher auf, ihren Müll nicht zurückzulassen oder in überfüllten Abfallbehältern zu entsorgen. Stattdessen sollte Abfall mitgenommen und zu Hause ordnungsgemäß getrennt entsorgt werden oder bis zum nächsten freien Papierkorb getragen werden. Auch Tiere wie Krähen, Ratten, Spatzen und Waschbären verteilen zurückgelassenen Müll, insbesondere wenn er unsachgemäß neben Abfallbehältern abgelegt oder in überfüllte Mülleimer gequetscht wird.